L'École pourra créer un laboratoire de recherche sur le comportement structural des grands ouvrages de génie civil (6 742 000 $ de la FCI dans un projet d'une valeur totale de 16,9 millions piloté par le professeur Robert Tremblay), un laboratoire de mise en forme des matériaux polymères multiphases à haute performance (3 661 703 $ de la FCI dans un projet d'une valeur totale de 10,7 millions piloté par le professeur Pierre Carreau ), un système de commande et d'optimisation des réseaux de transport et de distribution d'énergie électrique (1 584 335 $ de la FCI dans un projet d'une valeur totale de 2,8 millions piloté par le professeur Geza Joos, assisté du professeur Gilles Roy) et, enfin, un laboratoire d'imagerie médicale par élastographie, tomographie d'impédance électrique et tomographie optique (1 480 000 $ de la FCI dans un projet d'une valeur totale de 4 millions piloté par le professeur Michel Bertrand).

Ces sommes accordées par la FCI à l'École Polytechnique représentent jusqu'à 40 % du coût des infrastructures; le gouvernement du Québec et les partenaires financent le reste de ces projets. Depuis août 1998, la Fondation canadienne pour l'innovation, le gouvernement du Québec et des partenaires ont octroyé plus de 90 millions de dollars dans le financement des infrastructures de recherche à l'École Polytechnique ainsi qu'aux institutions universitaires et hospitalières partenaires de ces projets.