Computing Tools for Research

Cette page propose une liste d'outils informatiques utiles pour la recherche. Pour des raisons évidentes, des outils open sources, reposant sur des standards ouverts, seront mis en avant:

• Edition de documents: Latex (rendu inégalable de la typographie et des équations, wikibook, The Not So Short Introduction to LATEX), éditeur WYSIWYG Kile et Lyx
• Base de données bibliographiques: JabRef (format Bibtex, pour Latex, et export vers Word et html entre autres)

The file extension is .bib. Each entry needs a unique key for which I usually use <first author last name><publication year last 2 digits><first word of title>, eg saunier11investigating (see my personal publication bibliography)

• Synchronisation de fichiers: Dropbox (propriétaire)
• Bureau à distance: clients et serveurs pour le protocole VNC (multi-plateforme)
• Virtualisation de systèmes d'exploitation: VirtualBox
• Editeurs de texte: emacs (multi-plateforme), jEdit (multi-plateforme), notepad++ (Windows), gedit (Linux)
• Programmation:
  • Python: bibliothèque scientifique scipy, visualisation avec matplotlib, shell interactif ipython, package scientifique Sage, package scientifique complet de la société Enthought (Windows)
  • R: outil standard de la communauté en statistiques, très complet (clone du langage S)
  • Octave: clone de Matlab
  • C/C++: compilateur GCC, environnements cygwin ou MinGW (Windows)
• Outils/bibliothèques pour l'apprentissage automatique et la fouille de données:
  • Tanagra
  • Weka
  • Orange
• Systèmes de gestion de bases de données:
  • Sqlite
  • Postgresql
  • Mysql
• Systèmes d'information géographique (SIG): Quantum GIS, GRASS, Spatialite
• Visualisation de données, création de graphiques: gnuplot